1. Préchauffer le four à 375 °F (190 °C). Beurrer des moules à muffins antiadhésifs ou tapisser de moules en papier.
2. Dans un grand bol, mélanger les farines tout usage et de blé entier, le fromage, la poudre à pâte, la cannelle et le sel. Incorporer les pommes et les pacanes. Dans un autre bol, fouetter l'œuf, le lait, le sucre et le beurre. Verser sur les ingrédients secs et remuer juste assez pour humecter.
3. Déposer la pâte à l'aide d'une cuillère dans les moules préparés. Pour une jolie présentation, parsemer de pommes en dés supplémentaires et de pacanes grillées hachées. Cuire de 22 à 25 minutes, ou jusqu'à ce que le dessus des muffins soit ferme au toucher. Laisser refroidir dans les moules 5 minutes. Transférer sur une grille pour refroidir complètement.